A primeira fase da obra de Edgar Pêra, encontra o seu expoente com o filme A Cidade de Cassiano (Grand Prix, Festival Films D’architecture 1991). Pêra tem vindo a retratar nas suas obras temas como o Trabalho, o Tempo, a Liberdade, a Realidade e a Alienação. Debruçando-se sobre a vida e/ou obra de pensadores e artistas como Agostinho da Silva, Alberto Pimenta, Almada Negreiros, Amadeo de Souza-Cardoso, António Pedro, Carlos Paredes, Dead Combo, Fernando Pessoa, H.P. Lovecraft, João Queiroz, Lydia Lunch, Madredeus, Manuel João Vieira, Manuel Rodrigues, Maria Isabel Barreno, Nuno Rebelo, Miguel Esteves Cardoso, Paulo Varela Gomes, Pedro Ayres Magalhães, Rudy Rucker, Alexander Zograf, Robert Anton Wilson, Souto Moura, Terence Mckenna, Legendary Tigerman, Ney Matogrosso, entre outros.

A sua primeira longa-metragem Manual de Evasão LX 94 (para Lisboa Capital da Cultura 1994) estreou-se em 1994, e segue-se A Janela (Maryalva Mix) (selecção oficial do Festival Locarno de 2001). A partir daí a montagem plástica associa-se às emoções em filmes como O Homem-Teatro (Locarno, 2002).

Em 2004, os seus trabalhos são objecto de uma retrospectiva no World Wide Video Festival. Em 2006 estreia Movimentos Perpétuos (Prémio Público, Melhor Filme e Fotografia) no Indie Lisboa, que lhe dedica uma retrospectiva na secção Herói Independente. Para essa retrospectiva o crítico e programador Olaf Moller escreveu: “Sobre Edgar Pêra pode certamente dizer-se “muito diferente daquele que vemos como ‘correcto’, ‘válido’ dentro da cultura do cinema, ‘realista’ no sentido cinematográfico e sócio-político. Mais precisamente: Edgar Pêra é diferente de tudo o que sabemos sobre Portugal.”

Ainda em 2006, em Paris, Pêra vence o prémio Pasolini pela sua carreira, juntamente com Alejando Jodorowsky e Fernando Arrabal.

Em 2011 estreia no Festival de Roterdão o seu filme mais consensual e mais premiado O Barão, e inicia uma intensa pesquisa no formato tridimensional para o livro-filme da sua tese de doutoramento O Espectador Espantado. Realizou desde então 14 filmes 3D, entre os quais: Stillness (Festival de Oberhausen, 2014), Lisbon Revisited, (Locarno 2014), A Caverna (Festival Vila do Conde 2015), Delírio em Las Vedras (Roterdão, São Paulo, 2017). É co-autor (segmento Cinesapiens) da longa-metragem antológica esteroscópica 3x3D, em conjunto com Jean-Luc Godard e Peter Greenaway estreada no Festival de Cannes de 2013.

Já dentro de uma estética “popular”, realizou Virados do Avesso (2014), o seu primeiro filme a ultrapassar os 120.000 espectadores. Em 2018 realizou O Homem-Pykante Diálogos Kom Pimenta (IndieLisboa, Roterdão), sobre a vida e obra do poeta Alberto Pimenta e estreou no Festival de São Paulo a longa-metragem Caminhos Magnéticos, uma adaptação distópica da obra homónima de Branquinho da Fonseca, protagonizada por Dominique Pinon e Ney Matogrosso.

Depois das retrospectivas em cidades como Reus (2000), Cork (2011) e Seoul (2014), a Fundação de Serralves dedicou-lhe em 2016 uma extensa retrospectiva da sua obra fílmica, plástica e gráfica. Em 2019, o Festival de Roterdão dedica-lhe a maior retrospectiva de sempre, com 26 sessões e 24 apresentações dos seus filmes, culminando no Cine-Concerto Lovecraftland. Em 2023 estreará a sua longa-metragem pessoana, Não Sou Nada/The Nothingness Club e a sua nova série televisiva sobre Banda Desenhada, Cinekomix!!!. Nesse mesmo ano a série Arkivos da Margem Sul, estará em pós-produção e o filme Cartas Telepáticas em rodagem.

Mantém uma prática cinematográfica regular de constituição de “ciné-diários” que partilha on-line nas suas páginas, e cujo arquivo é por vezes organizado em filme. São os Arquivos Kino-Pop: Link da página.